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Paginação do lado do servidor com campo de matriz de string de documento único


Você pode usar slice on query seguido por populate.
User.findById({ _id: req.params.id })
           .slice('blacklistGroup', [10 * (req.query.currentPage - 1), 10])
           .populate("blacklistGroup", "username");

Você também pode usar agregado com $slice e $lookup.
User.aggregate([
 {"$match":{"_id":req.params.id}},
 {"$project":{"blacklistGroup":{"$slice":["$blacklistGroup", 10 * (req.query.currentPage - 1), 10]}}},
 {"$lookup":{
   "from": usercollection,
   "localField": "blacklistGroup",
   "foreignField": "_id",
   "as": "blacklistGroup"
 }},
 {"$project":{"usernames":"$blacklistGroup.username"}}])

Você pode aprimorá-lo ainda mais usando a versão de pesquisa mais recente.
User.aggregate([
 {"$match":{"_id":req.params.id}},
 {"$lookup":{
  "from":usercollection,
  "let":{"blacklistGroup":{"$slice":["$blacklistGroup", 10 * (req.query.currentPage - 1), 10]}},
  "pipeline":[
    {"$match":{"$expr":{"$eq":["$_id","$$blacklistGroup"]}}},
    {"$project":{"username":1,"_id":0}}
  ],
  "as":"blacklistGroup"
}}]);

Por uma questão de completude, adicionei todo o exemplo
var mongoose = require('mongoose');
mongoose.connect('mongodb://localhost/test', {useNewUrlParser: true});
var db = mongoose.connection;
mongoose.set('debug', true);
db.on('error', console.error.bind(console, 'connection error:'));
db.once('open', function() {
  // we're connected!
});
const UserSchema = new mongoose.Schema({
    blacklistGroup: [{
      type: String,
      ref: 'Group'
    }]
  })
const GroupSchema = new mongoose.Schema({
    _id: String,
    content: String,
    username: String
  })
const User  = mongoose.model('User', UserSchema, 'users');
const Group = mongoose.model('Group', GroupSchema, 'groups');
module.exports = {
    User, Group
  }

 User.findOne().slice("blacklistGroup", 3).populate("blacklistGroup", "username").exec((err, blacklistGroup) => {
      console.log("Populated blacklistGroup " + blacklistGroups);
    })        

Também adicionado o link Mongo Playground por exemplo 2

https://mongoplayground.net/p/YP5l5Kz3sp8