Edit:Para sua informação:depois de pesquisar por dois dias seguidos sem encontrar uma resposta, criei um ticket para um possível bug no Github do Mongoose.js e eles confirmaram meu problema. De acordo com eles, foi corrigido no novo candidato à versão 4.0.0 , o que não é recomendado para uso produtivo. Na verdade resolveu meu problema, mas o rc1 fez ainda mais problemas.

Minha solução até agora:

Finalmente, fiquei tão irritado com esse erro que alterei toda a minha acumulação dessa tabela para que _id não tem um from_node_id separado campo. Eu uso o from_node_id agora como o ID diretamente.