MongoDB converte o tipo de string para o tipo float

O problema é que toFixed retorna uma String , não um Number . Então você está apenas atualizando o documento com uma nova e diferente String .

Exemplo do Mongo Shell:

> number = 2.3431
2.3431
> number.toFixed(2)
2.34
> typeof number.toFixed(2)
string

Se você quiser um número de 2 decimais, você deve analisá-lo novamente com algo como:

db.MyCollection.find({"ProjectID" : 44, "Cost": {$exists: true}}).forEach(function(doc){
  if(doc.Cost.length > 0){
    var newCost = doc.Cost.replace(/,/g, '').replace(/\$/g, '');
    var costString = parseFloat(newCost).toFixed(2);
    doc.Cost = parseFloat(costString);
    db.MyCollection.save(doc);
  } // End of If Condition
}) // End of foreach