O loop não está gerando true ou false com base na consulta

Um problema que você tem é o local onde você está tentando registrar o resultado de isFriend. No momento, ele está sendo registrado logo após você definir isFriend como false ao entrar no loop de pesquisa.

Essa instrução precisa ser movida logo após o loop for interno.

Sem ter todas as entradas, fica muito difícil adivinhar onde pode estar o problema.

Usando o seguinte como entrada (você pode fornecer qual é a entrada real no formato JSON?):

var users = [
    {
        lastName: 'Smith',
        '_id': "51ee2017c2023cc816000001"
    },
    {
        lastName: 'Jones',
        '_id': "51ee2017c2023cc816000002"
    },
    {
        lastName: 'Macks',
        '_id': "51ee2017c2023cc816000003"
    }
];

var signedInUser = {
    friendRequest: [{
        "friendId": "51ee2017c2023cc816000002",
        "read": 0,
        "date_requested": "2013-07-23T06:29:39.021Z"
    }, {
        "friendId": "51ee203cc2023cc816000003",
        "read": 0,
        "date_requested": "2013-07-23T06:42:37.872Z"
    }]
};

function test(err, signedInUser) {
    console.log("\nsignedInUser.friendRequest\n" + JSON.stringify(signedInUser.friendRequest, null, 2));
    for (var x = 0; x < users.length; x++) {
        users[x].isFriend = false;
        console.log("\n" + users[x].lastName);
        for (var i = 0; i < signedInUser.friendRequest.length; i++) {
            console.log(users[x]._id + ' - ' + signedInUser.friendRequest[i].friendId);
            if (users[x]._id === signedInUser.friendRequest[i].friendId) {
                users[x].isFriend = true;
                console.log('test');
                break;
            }
        }
        console.log(users[x].isFriend);
    }

    console.log("\nFinal users:\n" + JSON.stringify(users, null, 2));
}

test(null, signedInUser);

Vejo os seguintes resultados:

signedInUser.friendRequest
[
  {
    "friendId": "51ee2017c2023cc816000002",
    "read": 0,
    "date_requested": "2013-07-23T06:29:39.021Z"
  },
  {
    "friendId": "51ee203cc2023cc816000003",
    "read": 0,
    "date_requested": "2013-07-23T06:42:37.872Z"
  }
]

Smith
51ee2017c2023cc816000001 - 51ee2017c2023cc816000002
51ee2017c2023cc816000001 - 51ee203cc2023cc816000003
false

Jones
51ee2017c2023cc816000002 - 51ee2017c2023cc816000002
test
true

Macks
51ee2017c2023cc816000003 - 51ee2017c2023cc816000002
51ee2017c2023cc816000003 - 51ee203cc2023cc816000003
false

Final users:
[
  {
    "lastName": "Smith",
    "_id": "51ee2017c2023cc816000001",
    "isFriend": false
  },
  {
    "lastName": "Jones",
    "_id": "51ee2017c2023cc816000002",
    "isFriend": true
  },
  {
    "lastName": "Macks",
    "_id": "51ee2017c2023cc816000003",
    "isFriend": false
  }
]

Além da declaração de log estar no lugar errado (acho que não mudei a semântica do seu código), com esse conjunto de entradas, a lógica funciona. É provável que a entrada que você esperava não seja o que você está recebendo.

Acontece que o OP estava usando o driver nativo do mangusto para nodejs e, depois de pesquisar, encontrou a resposta para a parte de comparação do problema aqui:Comparando _id e strings de mangusto