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Alternar entre JPA e Mongo no aplicativo Spring Boot MVC


Você está correto, você deseja usar perfis.
@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "jpa")
CrudRepository getCustomerRepository()
{
    return _customerRepository;
}

@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "mongo")
MongoRepository getCustomerRepositoryMongo()
{
    return _customerRepositoryMongo;
}

@Autowired
@Qualifier("customerRepository")
CrudRepository _crudRepository;

Em application.properties, agora você pode definir spring.profiles.active para jpa ou mongo para alternar entre bancos de dados.