Você está correto, você deseja usar perfis.
@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "jpa")
CrudRepository getCustomerRepository()
{
return _customerRepository;
}
@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "mongo")
MongoRepository getCustomerRepositoryMongo()
{
return _customerRepositoryMongo;
}
@Autowired
@Qualifier("customerRepository")
CrudRepository _crudRepository;
Em application.properties, agora você pode definir spring.profiles.active para jpa ou mongo para alternar entre bancos de dados.