Como converter a estrutura do objeto JSON em notação de ponto?

Isso deve ser flexível o suficiente para a maioria das necessidades:

function dotNotate(obj,target,prefix) {
  target = target || {},
  prefix = prefix || "";

  Object.keys(obj).forEach(function(key) {
    if ( typeof(obj[key]) === "object" && obj[key] !== null ) {
      dotNotate(obj[key],target,prefix + key + ".");
    } else {
      return target[prefix + key] = obj[key];
    }
  });

  return target;
}

Execute em seu excludesFields variável assim:

dotNotate(excludeFields);

Ele retorna a estrutura atual:

{ "Contact.Address" : 0, "Contact.Phone" : 0 }

Então você pode até fazer, inline:

things.findOne({}, {fields: dotNotate(excludeFields) })

Ou forneça como uma projeção:

var projection = { "fields": {} };
dotNotate(excludeFields,projection.fields);
things.findOne({}, projection);

Funciona bem em todas as profundidades e até mesmo com arrays de maneira essencial, a menos que você precise de operadores como $push .