Entendo o que você quer dizer sobre os métodos, mas acho que o problema com a tentativa do db.command é que você está tentando executar um shell helper como um comando em vez do comando em si. O comando real é este formato:
// get current levels
db.runCommand({ profile : -1 })
// set the level to log slow ops
db.runCommand({ profile : 1 })
// set to log slow ops and change the threshold to 200ms
db.runCommand({ profile : 1, slowms : 200 })
//revert to defaults
db.runCommand({ profile : 0, slowms : 100 })
Portanto, se você tentar passar o valor relevante para db.command, isso deve funcionar.
