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Alterar data da string para data ISO no MongoDB?


Você só precisa modificar seu código para fazer um loop sobre a matriz também. 
db.dummy.find().forEach(function (doc) {
  doc.data.forEach(function (currentValue, index) {
    doc.data[index].mongodbdate = ISODate(currentValue.mongodbdate);
  });
  db.dummy.save(doc);
})