Eu consertei! Como esperado, foi por causa da extensão, então aqui estão as etapas a serem seguidas se você enfrentar o mesmo problema que eu:the requested PHP extension mongo is missing from your system.

1. execute o comando:php --ini , você verá todos os arquivos de configuração analisados! Para mim , estou usando PHP-fpm , pensei que o único arquivo php.ini necessário estava dentro da pasta fpm , mas me enganei havia um arquivo php.ini dentro da pasta CLI e é essa pasta que informa ao servidor quais módulos são carregados , e é exatamente o mesmo arquivo do qual a doutrina lê as extensões.
2. Abra CLI/php.ini e adicione esta linha no final extension=mongo.so .
3. Reiniciar PHP:service php5-fpm restart

É isso!