Não consigo replicar seu comportamento:
> db.tg.find()
{ "_id" : ObjectId("511223348a88785127a0d13f"), "a" : 1, "b" : 1, "name" : "xxxxx0" }
> db.tg.aggregate([{ $match: { "a" : {$exists:true}, "b" : {$exists:true} } }, { $project: { _id : 0,name : 1, r1: {$subtract:["$a", "$b"]} }}, { $limit: 100 }])
{ "result" : [ { "name" : "xxxxx0", "r1" : 0 } ], "ok" : 1 }
Você pode nos dar um pouco mais de informações como sua versão do MongoDB?
