Consulta para encontrar todos os documentos com milissegundos diferentes de zero

Você pode tentar as consultas abaixo no mongodb 3.6 versão

Você precisa primeiro extrair milissegundos de sua date usando $dateToParts e então você pode facilmente combinar com os documentos com milissegundos $ne 0

db.collection.aggregate([
  { "$match": {
    "$expr": {
      "$ne": [
        { "$millisecond": {
          "date": "$source.billDate",
          "timezone": "America/New_York"
        }},
        0
      ]
    }
  }}
])

Ou com a consulta de localização também

db.collection.find({
  "$expr": {
    "$ne": [
      { "$millisecond": {
        "date": "$source.billDate",
        "timezone": "America/New_York"
      }},
      0
    ]
  }
})