Não tenho certeza se você viu isso postar , mas pode ser porque você está em um cluster livre? Espero que isto ajude.
ATUALIZAÇÃO
Analisei o problema mais a fundo e o reproduzi por conta própria. Eu tenho o mesmo erro. No entanto, notei que em um ponto o Atlas me forneceu uma escolha de strings de conexão. Voltei para essa página e escolhi
I am using driver 3.4 or earlier . A string de conexão se parece com isso:
const mongoDbUrl = `mongodb://${username}:${password}@cluster0-shard-00-00-1wntz.mongodb.net:27017,cluster0-shard-00-01-1wntz.mongodb.net:27017,cluster0-shard-00-02-1wntz.mongodb.net:27017/testdb?ssl=true&replicaSet=Cluster0-shard-0&authSource=admin`;
Funcionou com essa string de conexão.
Parece que a versão gratuita do MongoDB Atlas é lançada com a v3.4
