Você pode fazer como:
@Query("{$and: [ { 'categoryId': { $eq: ?0 } }, { 'isDeleted': { $eq: ?1 } } ]}")
public List<Stage> findByCategoryIdAndIsNotDeleted(String categoryId, Boolean deleted,org.springframework.data.domain.Sort sort);
E quando você chama esse método, crie o objeto Sort como abaixo:
Sort sort = new Sort(Direction.ASC/DESC,"order");
