Não é uma junção, pois o relacionamento só será avaliado quando necessário. Uma junção (em um banco de dados SQL), por outro lado, resolverá os relacionamentos e os retornará como se fossem uma única tabela (você "junta duas tabelas em uma").

Você pode ler mais sobre DBRef aqui:http://docs.mongodb.org/manual/applications/database-references/

Existem duas soluções possíveis para a resolução de referências. Uma é fazê-lo manualmente, como você quase descreveu. Apenas salve o _id de um documento no other_id de outro documento e escreva sua própria função para resolver o relacionamento. A outra solução é usar DBRefs conforme descrito na página de manual acima, o que fará com que o MongoDB resolva o relacionamento client-side sob demanda. Qual solução você escolhe não importa muito porque ambos os métodos resolverão o relacionamento do lado do cliente (observe que um banco de dados SQL resolve junções no lado do servidor).