Eu sei que é muito depois de você postar a pergunta, mas pode ajudar outras pessoas.
Se você usar essa referência em toda parte, considere usar o documento incorporado. Os benefícios do documento incorporado é que você os obtém quando consulta o documento pai, portanto, economiza consultas adicionais e as desvantagens é que o documento pai pode se tornar grande (ou mesmo muito grande), portanto, você deve usá-los, mas com cuidado.
Aqui está um exemplo de documento incorporado simples. Em vez de fazer referência a 'comentários' no documento post, que exigem consulta adicional, vamos incorporá-lo (o código é um pouco pseudo):

O MongoDB permite uma maneira simples e conveniente de consultar os campos dos comentários pelo caractere ponto. Por exemplo, se gostamos de consultar apenas comentários cujo assunto começa com 'carro', fazemos o seguinte:


Observe que, para simplificar o exemplo, o campo de comentário na postagem não é uma matriz (é permitido um comentário por postagem neste exemplo). No entanto, mesmo que seja um array, o mongo se refere aos elementos do array de maneira muito elegante da mesma maneira.