Não posso falar por isso em relação ao MongoDB, mas em banco de dados SQL, não, não é uma prática recomendada. Isso não significa que pode não haver um caso de uso ocasional, mas "melhor prática", não.

Armazene-os como datas, recupere-os como datas. Sua melhor aposta é configurar seu banco de dados para armazená-los como UTC (vagamente, "GMT") para que os dados sejam portáteis e você possa usar diferentes horários locais conforme apropriado (por exemplo, se o banco de dados for usado por usuários geograficamente diversos) , e lidar com quaisquer conversões de UTC para hora local na camada do aplicativo (por exemplo, via Calendar ou uma biblioteca de datas de terceiros).

Armazenar datas como números significa que seu banco de dados é difícil de reportar, executar consultas ad-hoc, etc. Eu cometi esse erro uma vez, não é um que vou repetir sem um realmente boa razão. :-)