Importando csv para mongodb usando código PHP

Realmente esta questão poderia usar alguma pesquisa no Google, mas desta vez apenas, o que você faz é pegar a primeira linha do CSV:

 $columns = fgetcsv($fh, 0, ',');
 $nrColumns = count($columns);
 for ($i=0; $i < $nrColumns; $i++)
 {
    if(array_key_exists($columns[$i], $columnsArray)){
        $columnsArray[$columns[$i].$col_inc] = $i;
        $col_inc++;
    }else{
        $columnsArray[$columns[$i]] = $i;
    }
 }

E use isso para comparar com o índice do que você tem em $c :

 $user = array();
 for ($c=0; $c < $num; $c++) {
      $user[$columnsArray[$c]] = $data[$c]
      echo 'data--'.$data[$c] . "<br />\n";
  }

e então você usa $user para adicionar ao array:

$users[] =$user;