Respondido no GitHub aqui:https://github.com/balderdashy/sails-mongo/ questões/181

Quando você migrate: 'safe' set Waterline não tentará criar nenhum índice no banco de dados. Unique funciona usando os índices exclusivos criados no banco de dados durante uma "migração".

Se você estiver em um ambiente de produção, você mesmo deve criar os índices e manter migrate: 'safe' definido para que o Waterline não toque seus dados de produção. Em desenvolvimento, você pode definir migrate: 'alter' e esses índices devem ser criados.