Acho que sim, você queria métodos de instância? É isso que você quis dizer com métodos Schema? Se sim, você pode fazer algo como:
var mySchema = new Schema({
name: {
type: String
},
createdAt: {
type: Date,
default: Date.now
}
});
mySchema.methods.changedName = function() {
return this.name + 'TROLOLO';
};
Something = mongoose.model('Something', mySchema);
Com isso você pode fazer:
Something.findOne({ _id: id }).exec(function (error, something) {
something.changedName();
});