Há um ticket JIRA para este problema e foi corrigido na versão 2.5.0.
Por enquanto, você pode usar o ponto unicode para aspas duplas ao inserir:
> db.foo.insert({ "field": "test \u0022 test" })
> db.foo.find()
{ "_id" : ObjectId("533455e563083f9b26efb5c2"), "field" : "test \" test" }
