Essa pergunta pode ser antiga, mas eu estava enfrentando o mesmo problema e encontrei outra solução que pode funcionar para outras pessoas.

Anexando ?authSource=admin até o final do seu MONGO_URI A variável autenticará suas credenciais no banco de dados do administrador, em vez daquele ao qual você está se conectando.

Exemplo:app.config["MONGO_URI"] = "mongodb://username:[email protected]:port/db_name?authSource=admin"