É tarde demais, mas talvez outros possam achar útil.
Encontrei essa solução https://groups.google.com/forum/# !topic/morphia/FlEjBoSqkhg
updateQuery.filter("b elem",
BasicDBObjectBuilder.start("c.d", "d1").get());
updateQuery.filter("b elem",
BasicDBObjectBuilder.start("c.d", "d1").get());
