Não estou familiarizado com o MongoEngine, mas o operador de projeção $ pode filtrar uma matriz para mostrar apenas o elemento correspondente. Na concha do Mongo:
> db.foo.insert({"items": [{"id": 1}, {"id": 2}, {"id": 3}]})
> db.foo.find({'items.id': 1}, {'items.$': true})
{ "_id" : ObjectId("51ce29b68b178484ff2a01ed"), "items" : [ { "id" : 1 } ] }
Mais informações:http://docs.mongodb.org/manual/reference/projection /posicional/
Parece que no MongoEngine você faz:
Foo.objects(__raw__={'items.id': 1}).only('items.$')
Mais:http://mongoengine-odm.readthedocs .org/en/latest/guide/querying.html#raw-queries
