Se você precisar fazer isso de maneira programática, basta criar o novo @Configuration do Spring e executar essa inicialização:
@Configuration
@DependsOn("mongoTemplate")
public class CollectionsConfig {
@Autowired
private MongoTemplate mongoTemplate;
@PostConstruct
public void initIndexes() {
mongoTemplate.indexOps("collectionName") // collection name string or .class
.ensureIndex(
new Index().on("name", Sort.Direction.ASC)
);
}
}