A documentação do MongoDB explica:

Como você está lidando com documentos incorporados, não é possível impor exclusividade em uma propriedade na matriz de documentos incorporados do mesmo documento pai.

No entanto, quando você tentar inserir um novo Customer com um usuário que também tenha example@sqldat.com como endereço de e-mail, você receberá um erro (mas apenas ao salvar, não ao usar .push() , porque a exclusividade é imposta pelo MongoDB, não pelo Mongoose).