O índice "FirstIdSecondIdCreationTime" não foi considerado automaticamente porque foi criado com um agrupamento e a consulta está sendo executada sem um agrupamento.

Use o .collation() cursor para especificar o mesmo agrupamento para a consulta que foi usada para o índice.

O tempo de execução de 5,5 segundos usando esse índice também é bastante lento. Você poderá ver algumas melhorias nessa consulta se criar um índice em {FirstId: 1, SecondId: 1, _id: 1} para que o executor da consulta possa usar o índice para atender à classificação em vez de uma classificação na memória.