Você pode fazer isso usando o suporte do MongoDB para índices parciais que foi adicionado em 3.2.
var mySchema = new Schema({ oneTrue: Boolean });
mySchema.index({oneTrue: 1}, {unique: true, partialFilterExpression: {oneTrue: true}});
Isso criará o índice exclusivo no
oneTrue campo somente onde seu valor é true . Dessa forma, vários documentos com um false valor são permitidos, mas apenas um em que é true . 
