Tem certeza de que está usando o mesmo banco de dados? Tente simplificá-lo para um exemplo básico, por exemplo,
$m = new Mongo();
$db = $m->foo;
$db->system->js->save(array("_id"=>"archiveMessages",
"value"=>new MongoCode("function() { return 3; }")));
print_r($db->execute("archiveMessages()"));
Resulta em:
Array
(
[retval] => 3
[ok] => 1
)
