Você precisaria adicionar um filtro que pudesse usar esse índice assim para alterar esse plano de consulta - nem todas as operações removem o estágio FETCH, por exemplo $exists parece não funcionar:
db.coll.find({ _id: { $ne: 0 }, { _id: 1 }) // works for ObjectIds
Uma parte da explicação para isso está na documentação :
Parece que me lembro de ter visto uma solicitação do JIRA para oferecer suporte a isso sem o filtro, mas não consigo lembrar qual ticket foi ...
