Você precisa agrupar seu documento após a projeção e usar
$addToSet
operador de acumulador db.mycollection.aggregate([
{ "$project": {
"year": { "$year": "$date" },
"month": { "$month": "$date" }
}},
{ "$group": {
"_id": null,
"distinctDate": { "$addToSet": { "year": "$year", "month": "$month" }}
}}
])
