Não consigo encontrar nenhum documento que aborde esse caso simples para que eu possa ver por que você está tendo problemas. Mas é tão simples quanto usar um
$set com uma chave que usa notação de ponto para referenciar o campo incorporado:OrganizationModel.update(
{name: 'Koka'},
{$set: {'address.street': 'new street name'}},
callback);
