{_where : what } trata _where como uma String literal, que é equivalente a:{"_where":what} . Portanto, você não obtém resultados atualizados, pois não há campo como _where . Você precisa atribuí-lo da maneira abaixo para fazê-lo funcionar.
exports.updateUsers = function ( user_id, where, what, pass ) {
var _where = 'settings.'+where; //when I use it doesn't update
var update = {};
update[_where] = what;
user.findOneAndUpdate(
{'user_id' : user_id},
update).exec(function(e,d){
pass("ok")
})
};
update[_where] = what; resolve o valor no _where variável.
