GMT e UTC são fusos horários diferentes, eles são Greenwich Mean Time e Universal Coordenado Tempo respectivamente. GMT é um fuso horário 'solar', enquanto UTC é 'atômico'. Para a maioria dos propósitos, eles são essencialmente a mesma coisa, no entanto, o UTC é mais 'universal'.
Curiosamente, a documentação que você aponta para
toUTCString ainda mostrar uma saída GMT:var today = new Date();
var UTCstring = today.toUTCString();
// Mon, 03 Jul 2006 21:44:38 GMT
Para troca de dados entre aplicativos, prefiro usar algo como ISO8601 , que usa o sufixo 'Z' para UTC:
2013-01-16T08:19Z
Onde o 'Z' significa confusamente 'Zulu time'!
