MongoDB
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salve a senha como hash salgado no mongodb na coleção de usuários usando python/bcrypt


Não sei como você usa o mongodb para trazer os dados, mas se você quiser fazer o hash do passe, é tão fácil quanto:
from flask import Flask
from flask.ext.bcrypt import Bcrypt

app = Flask(__name__)
bcrypt = Bcrypt(app)

# Your code here...

users_doc = {
    "username": "james",
    "password": bcrypt.generate_password_hash(password)
}

E então, se você quiser verificar a senha, você pode usar o check_password_hash() função:
bcrypt.check_password_hash(users_doc["password"], request.form["password"]) # Just an example of how you could use it.