Infelizmente, o suporte do IronPython para pip e setuptools ainda é esquisito. Você pode tentar configurar o pip manualmente seguindo estas instruções , e então você poderá instalar pacotes do PTVS, mas nem todos os pacotes funcionarão com essas versões mais antigas do setuptools.

Além disso, muitos pacotes não funcionarão com o IronPython, ponto final. Basicamente, se o pacote tiver algum código nativo nele (arquivos .pyd), ele não funcionará, porque o IronPython não implementa a API de extensibilidade do CPython. Eu suspeito que o PyMongo será um desses.

Existe algum motivo específico pelo qual você está tentando usar o IronPython para isso? Observe que o PTVS suporta totalmente o Python regular.