O mais fácil é converter o BSON para JSON e usar as APIs java.io para gravar esses dados em arquivos. O inverso seria usar a API do Reader (BufferedReader ou FileReader) para lê-los de volta e converter para BSON.

Agora, para converter BSON para JSON, existem várias maneiras, dependendo dos utilitários usados, bem como das APIs do driver oficial do Mongo, você pode escolher uma de sua preferência. O inverso também é verdadeiro, muitas opções estão neste tópico.

(Criando objeto BSON a partir de string JSON )

Você também pode fazer referência a https://api.mongodb.com/java/3.0/org/bson/BsonDocument.html#toJson-org.bson.json.JsonWriterSettings-

Espero que isso ajude você :)