Eu não vi um S3 FileField para uso com MongoEngine - então, atualmente, você teria que rolar sua própria implementação - você poderia usar um StringField para armazenar o local ou você pode criar sua própria proxy_class como ImageField mas é bastante vinculado a GridFs, mas fico feliz em abstrair isso, se necessário.

Como sempre, solicitações de pull são bem-vindas! https://github.com/MongoEngine/mongoengine