1. Sim, está correto.
2. Não, é melhor dar ao mongodb o máximo de espaço em disco possível (se o mongodb puder alocar mais espaço do que menos fragmentação de disco que você terá, alocar espaço adicional é uma operação cara). Mas se desejar, você pode executar db.repairDatabase() do shell mongodb para reduzir o tamanho do banco de dados.
3. Sim, você pode executar repairDatabase na instância mongodb ao vivo (é melhor executá-lo em nenhum horário de pico)