Este é um aplicativo de elétron para gerenciamento do MongoDB, você pode conferir o código como exemplo de como usar o mongodb e o electron.
https://github.com/officert/mongotron
Basicamente, você pode usar o mongodb como normalmente usaria em node.js no processo principal e, em seguida, se comunicar com o processo de renderização através do ipc módulo.
Por exemplo:
Processo de renderização
<html>
<head></head>
<body>
<script>
const ipc = require('electron').ipcRenderer;
const informationBtn = document.getElementById('information-dialog')
informationBtn.addEventListener('click', function (event) {
ipc.send('create-user')
})
</script>
</body>
<html>
Processo principal
const ipc = require('electron').ipcMain
const mongo = require('some-mongo-module')
ipc.on('create-user', function (event) {
/* MONGODB CODE */
})
Eu recomendo que você use o aplicativo de introdução que você pode encontrar em http://electron.atom.io/