O que funcionou para mim no Fedora 20:precisamos criar o diretório temporário em cada inicialização, e isso é tratado por systemd-tmpfiles. Então, crie um arquivo /lib/tmpfiles.d/mongodb.conf e coloque uma linha nele:
d /var/run/mongodb 0755 mongod mongod
Isso parece lidar com isso nas reinicializações; se você não quiser reiniciar imediatamente, você pode executar isso com:
sudo systemd-tmpfiles --create mongodb.conf
(Veja as páginas man para systemd-tmpfiles)
