Muito mais fácil do que eu pensava. Basta usar a função de divisão do JavaScript. estrondo!
db.temp.find().snapshot().forEach( function (el) {
el.phonemes = el.phoneme.split(' ');
db.temp.save(el);
});
db.temp.find().snapshot().forEach( function (el) {
el.phonemes = el.phoneme.split(' ');
db.temp.save(el);
});