Não tenho certeza se é uma maneira correta de fazer isso, enviar um kill provavelmente pode causar danos ao seu servidor mongo e você precisará reparar seu banco de dados depois em caso de falha.
Talvez você já tenha resolvido esta questão, mas aqui está o que eu faço:
mongo admin --eval "db.shutdownServer()"
Estou conectado automaticamente na coleção do administrador e em seguida, só tenho que executar a extinção.
Aqui está o link oficial sobre como parar o Mongodb corretamente:http://api.mongodb.org/wiki/current/Starting%20and%20Stopping%20Mongo.html
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