A linha de comando a seguir instalará uma segunda instância do Mongo DB. Observe que você precisa fornecer serviceName , serviceDisplayName , porta , dbpath e caminho de log para evitar colisões.
mongo --install --serviceName "Mongo DB 2ª instância " --serviceDisplayName "Mongo DB 2ª instância " --port 37017 --dbpath c:\data\db2 --logpath c:\data\logs\mongolog2.txt
Então você apenas inicia o serviço com
net start "Mongo DB 2ª instância "
