A partir da versão 3.2 você pode fazer isso com
$unwind em ambos os arrays, $cmp os índices e $match apenas os índices iguais. Esta solução preencherá o que você escreveu caso você tenha apenas o documento de exemplo. Se você tiver mais documentos, não sei o que você espera obter na saída, mas é solucionável agrupando por _id do documento.
db.test.aggregate([
{
$unwind: {
path: '$dates',
includeArrayIndex: 'dates_index',
}
},
{
$unwind: {
path: '$numbers',
includeArrayIndex: 'numbers_index',
}
},
{
$project: {
dates: 1,
numbers: 1,
compare: {
$cmp: ['$dates_index', '$numbers_index']
}
}
},
{
$match: {
compare: 0
}
},
{
$project: {
_id: 0,
dates: 1,
numbers: 1
}
}
])
