MongoDB
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Maneira correta de importar o arquivo json para o mongo


Os documentos observam que:

Este utilitário pega um único arquivo que contém 1 string JSON/CSV/TSV por linha e o insere.

Na estrutura que você está usando -assumindo que os erros na essência são corrigidos- você está essencialmente importando um documento com apenas shops campo.

Depois de dividir os dados em documentos de loja separados, importe usando algo como (lojas sendo o nome da coleção, faz mais sentido do que usar example ):
mongoimport -d test -c shops data.json

e então você pode consultar como:
db.shops.find({"name":x,"categories.type":"shirts"})