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Como alterar a ordem do array com o MongoDB?


Como @blakes-seven disse, você tem duas maneiras de fazer isso:

Agarrando, atualizando e enviando
db.images.find({ _id: '' }, { images : 1 })
.then(function(img) {
  var tmpImg = img.images[0];
  img.images[0] = img.images[1];
  img.images[1] = tmpImg;

  db.images.update({ _id: img._id }, { $set: { images: img.images } });
})

Atualizando diretamente (se você tem a imagem no cliente e conhece os índices), usando $position
db.images.update({ _id: '' }, { $push: { images: { $each: ['img2'] }, $position: 0 } } } )
.then(function() {
  db.images.update({ _id: '' }, {$unset: {'images.2': 1}})
});

https://docs.mongodb.org/manual/reference/operator/update/position/

No entanto, acho que você deve redesenhar a forma como armazena suas imagens, usando por exemplo um pedido virtual:
{
  images: [
    { base64: 'img1', order: 0, _id: 'img1' },
    { base64: 'img2', order: 1, _id: 'img2' },
    { base64: 'img3', order: 2, _id: 'img3' }
  ]
}

Dessa forma, você pode ordenar suas imagens usando um índice de ordem virtual, atualizando-as usando apenas o _id, ou atualizando toda a coleção alterando a ordem de todas as img2, descartando ou substituindo uma imagem, etc.