Para referência, GeoJSON é oficialmente suportado no Mongoose 3.6
Veja as notas de lançamento aqui.
Exemplo (dos documentos):
new Schema({ loc: { type: [Number], index: '2dsphere'}})
... então ...
var geojsonPoly = { type: 'Polygon', coordinates: [[[-5,-5], ['-5',5], [5,5], [5,-5],[-5,'-5']]] }
Model.find({ loc: { $within: { $geometry: geojsonPoly }}})
// or
Model.where('loc').within.geometry(geojsonPoly)
