você pode usar $ addToSet para fazer isso:
db.users.aggregate([
{ $unwind: '$data' },
{ $group: { _id: '$_id', data: { $addToSet: '$data' } } }
]);
É difícil dar uma resposta mais específica sem ver sua consulta real.
db.users.aggregate([
{ $unwind: '$data' },
{ $group: { _id: '$_id', data: { $addToSet: '$data' } } }
]);
