Para ir além da restrição de exclusividade disponível nativamente em índices, você precisa usar algo como Mongoose e sua capacidade de dar suporte à validação baseada em campo. Isso lhe dará suporte para coisas como valor mínimo, mas somente quando as atualizações passarem pelos seus esquemas/modelos do Mongoose.
Atualização do MongoDB 3.2
A validação de documentos agora é suportada nativamente pelo MongoDB.
Exemplo da documentação:
db.createCollection( "contacts",
{ validator: { $or:
[
{ phone: { $type: "string" } },
{ email: { $regex: /@mongodb\.com$/ } },
{ status: { $in: [ "Unknown", "Incomplete" ] } }
]
}
} )