Você pode usar BsonClassMap em vez de usar atributos para manter suas classes "limpas".
// 'clean' entity with no mongo attributes
public class MyClass
{
public Guid Id { get; set; }
}
// mappings in data layer
BsonClassMap.RegisterClassMap<MyClass>(cm =>
{
cm.AutoMap();
cm.MapIdMember(c => c.Id).SetIdGenerator(CombGuidGenerator.Instance);
});